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António Baião e Pedro de Azevedo em O Arquivo da Torre do Tombo referem que esta colecção foi organizada pelos cónegos de São Vicente de Fora, facto que deu origem ao seu nome. Também Silva Marques, em Arquivo Nacional da Torre do Tombo (ensaio de um manual de heurística e arquivologia), afirma que o instrumento de descrição existente para esta colecção foi redigido no mosteiro de São Vicente. No entanto, a maioria dos volumes apresenta um ex-libris que está identificado nas obras de referência como sendo de Cristóvão Pedro Salema Correa (1690-1746, Abril 26; presbítero) mas não foram encontrados quaisquer dados concretos sobre esta possível custódia da documentação, e qual a sua relação com o mosteiro de São Vicente de Fora.

A documentação terá dado entrada na Torre do Tombo em 1836, como refere Carl Erdman.

Documentação dos séculos XVI, XVII e início do XVIII, com maior incidência no reinado de D. João III, abrangendo as regências e reinados de D. Catarina, D. Sebastião, cardeal D. Henrique, Filipe I, Filipe II, Filipe III, D. João IV, D. Afonso V e D. Pedro II.
Grande parte da documentação é relativa às relações diplomáticas com diversas nações da Europa, predominando as minutas para embaixadores e cartas recebidas destes, instruções a enviados, felicitações e pêsames, notícias de diversos países da Europa e, em especial, as relações diplomáticas com a França (navegação, pirataria, armadas, compra de cereais, Tratado e liga ofensiva e defensiva), com Espanha (envio de embaixadores, notícia da chegada à Índia, casamento da infanta D. Maria com o futuro Filipe II, demarcações em territórios ultramarinos, questão de Olivença, Guerra da Sucessão de Espanha e Tratado de Utreque em 1715), com Inglaterra (envio de embaixadores, pirataria, casamento de D. Catarina de Bragança com Carlos II), com a Holanda (desistência das praças da Índia, ataques às possessões africanas e brasileiras.

Nas relações diplomáticas entre Portugal e a Santa Sé é predominante a correspondência relativa ao provimento e à criação de arcebispados, bispados e igrejas (entre as quais Braga, Lisboa, Évora, Ceuta, Lamego, São Tomé, Angra, Brasil), introdução, reformas e eleição de gerais para as ordens monásticas (Ordem de São Francisco, Agostinhos Descalços), atribuição de comendas, dispensas para casamento, anexação e união de diversos mosteiros. Inclui ainda a apresentação e desenvolvimento de negociações e episódios diversos (com destaque para o da fuga para Roma do bispo de Viseu, D. Miguel da Silva), bem como a presença portuguesa no Concílio de Trento, o estabelecimento da Inquisição e a legacia para o cardeal D. Henrique. De entre os embaixadores e enviados à Santa Sé destacam-se Lourenço Pires de Távora e Baltasar de Faria.
As relações de Portugal com diversos reinos, potentados ou soberanos de África e Ásia (Argel, Fez, Ormuz, Cochim, Melinde, Malucas, etc.) traduzem-se em assuntos como o resgate de cativos, as conversões ao cristianismo, os ataques permanentes às embarcações e possessões portuguesas, a ameaça da presença de outros europeus.

São inúmeros os documentos, de entre cartas, apontamentos ou textos legais relativos à administração dos territórios ultramarinos, dando notícias da Índia, sobre as armadas para Ormuz, a sucessão do governo da Índia, a fortificação de Moçambique, a expulsão dos holandeses dos mares da Índia, o provimento de ofícios da Fazenda e postos militares, o comércio, a situação e estado de Macau, a política no Norte de África, os governos da Madeira, dos Açores e do Brasil (explorações para o interior, povoamento, e instruções e regimentos para os governadores e outras autoridades), sendo abordados os mais diversos assuntos relacionados com a administração judicial, eclesiástica, fazendária e militar.
Parte significativa da documentação reporta-se a cerimónias e acontecimentos da vida dos elementos da família real e da corte, designadamente, casamentos reais e todos os preparativos necessários, protocolos a atender e cerimónias a celebrar, deslocações, visitas e viagens de membros da família real, a composição e despesas das suas casas, cerimónias funebres, correspondência vária recebida e expedida de felicitações e condolências.

Também a vida política em Portugal está presente em múltiplos documentos patenteando as relações entre D. Sebastião e D. António Prior do Crato, a regência de D. Catarina e o seu abandono, seguida da do cardeal infante D. Henrique, o acto de juramento a D. João IV, o relato dos acontecimentos que marcaram a deposição de D. Manso VI e o início da regência de D. Pedro II e a cópia de alguma correspondência de D. Pedro II e de D. Maria Francisca Isabel de Sabóia. Existe também documentação sobre a consagração de Nossa Senhora da Conceição como padroeira de Portugal.
As relações entre o rei e os súbditos são igualmente representadas através da concessão de graças e mercês, de tenças e comendas, a atribuição de ofícios ou outras recompensas por prestação de serviços, e múltiplas petições dirigidas ao monarca.

Relativamente à administração do Reino são inúmeras as minutas de cartas para as autoridades administrativas, judiciais ou militares locais, a correspondência com dignidades eclesiásticas sobre administração de conventos, sobre o governo dos bispados, sobre a actividade das Misericórdias, sobre a Universidade de Coimbra, nomeações para cargos, provimento de ofícios e lugares da administração civil e eclesiástica, pagamento de ordenados, atribuição de ajudas de custo e de verbas para despesas diversas, questões de jurisdição entre instituições, sobre o governo militar, a defesa das populações, o provimento de postos do exército, sobre o governo do reino de Portugal durante o período filipino, diversos regimentos de instituições e de ofícios (do almotacé-mor, do Conselho de Estado de Portugal (1569), do Conselho de Guerra, da Capela Real, entre outros), textos legislativos e consultivos (pragmática sobre a impressão de livros, sobre o uso de cavalos e armas), e outros documentos que abordam assuntos tão diversos quanto a utilização do anil da Índia em tinturaria, ou a peste de 1598.

No que toca ao comércio e navegação destacam-se, para além dos problemas genéricos e permanentes nas relações comerciais e relacionados com a navegação para lugares tão longínquos, o contrato e a venda da pimenta, os negócios com diversos feitores, o fabrico e o custo de naus e galeões, a navegação fluvial e intercontinental, esta última concretizada na "Ordem que os pilotos devem guardar na viagem da carreira da Índia".

Podem encontrar-se entre os correspondentes e autores de documentos D. João III, D. Afonso VI, Pedro de Alcáçova Carneiro, Lourenço Pires de Távora, Aquiles Estaço, D. Afonso de Lencastre, D. Aleixo de Meneses, D. Álvaro de Castro, André Furtado de Mendonça, Frei António Brandão, D. António de Ataíde (1° conde da Castanheira), António de Melo e Castro, D. António de Saldanha, António de Sousa Macedo, Baltasar de Faria, Brás de Alvide, cardeal D. Henrique, os cardeais Farnese, Montepoliciano, Richelieu, Santaflor e Santiquatro, o imperador Carlos V, a rainha D. Catarina, D. Constantino de Bragança, Damião de Góis, D. Diogo da Silva de Mendonça, D. Duarte de Almeida, D. Nuno Álvares Pereira de Melo (10 Duque de Cadaval), Frei Francisco Brandão, D. Francisco de Lima, D. Francisco de Melo, Frei Francisco Foreiro, D. Francisco Manuel de Melo, Gaspar de Faria Severim, João Rodrigues de Sá e Meneses, José da Cunha Brochado, D. Julião de Alva, D. Frei Manuel Pereira, D. Martim Afonso de Castro, Martim Afonso de Sousa, D. Miguel de Castro, Miguel de Moura, D. Nuno Manuel, D. Pedro de Castilho, Rui Lourenço de Távora, D. Sebastião César de Meneses, D. Sebastião de Morais e Tomé Pinheiro da Veiga, entre muitos outros.

Há também documentação que reflecte parcelas da vida privada, sendo frequente a correspondência entre familiares, e os papéis pertencentes aos herdeiros de Afonso Furtado de Mendonça.

De entre os vários documentos de carácter monográfico que surgem nesta colecção citam-se a título de exemplo, o Livro da verdadeira nobreza, composto por Frei Francisco Barreiros, ou a Genealogia dos duques de Bragança e de todas as casas que deles descendem, por Manuel Severim de Faria, a Breve narração de algumas cidades e províncias do mundo em forma de itinerário, o Roteiro e descrição da tavoa da cidade de Goa a Nova (que contém material iconográfico representando localidades na Índia), ou ainda a Vida do Infante D. Duarte, por André de Resende, e a Crónica de D. João IV, de António Coelho.