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A Secretaria da Mesa e Comum das Ordens era a de maior dimensão e as suas funções eram múltiplas. Para além de atribuições de carácter consultivo, despachava as habilitações e todos os
procedimentos relativos aos cavaleiros das Ordens Militares, ocupavase da administração da Universidade de Coimbra, das Capelas, Colégios, Hospitais e Recolhimentos dependentes da Mesa da Consciência e Ordens, e superintendia nos resgates e em tudo o que se relacionava com as pessoas falecidas fora do Reino.