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A documentação copiada pelo funcionário Duarte Joaquim dos Santos parece corresponder a uma selecção pessoal baseada, por um lado, na inexistência de tal documentação, em original ou cópia na Torre do Tombo, e por outro, na atribuição de uma relevância ou importância aos signatários dos documentos, ou ao próprio documento.

Na sua maioria os documentos versam sobre as questões dinásticas e sucessórias no período que decorre entre a regência de D. Catarina e o governo filipino, focando a questão da expedição de D. Sebastião ao norte de África, a consequente problemática da sucessão, a nomeação de governadores, autos de juramento e obediência, concessão de mercês, abastecimento e transporte de tropas.

Uma parte é dedicada ao Padre António Vieira, estando copiadas duas cartas em que é signatário.

Deverão ainda ser citadas as cópias do Livro das Linhagens de Portugal, de Xisto Tavares, da Lei dos privilégios aos naturais do Reino, concedida por D. Manuel em 1499, o Regimento do governo do reino, feito por D. Afonso V em
1476, o Regimento do Cardeal Rei D. Henrique para a eleição dos cinco governadores do reino, de 1579, o Regimento do Cardeal Arquiduque Alberto, dado por Filipe II, em 1583, para o governo de Portugal, e ainda as Instruções dadas ao vice-rei da Índia D. Duarte de Meneses, pelo mesmo soberano em 1584.

As quatro cópias em francês de documentos do Fond d' Harley abordam assuntos diplomáticos, nomeadamente as relações entre Portugal e a Holanda, cartas do embaixador português em Paris, Francisco de Sousa Coutinho e, um manifesto publicado em Portugal sobre o envio a Roma do vice-colector do Papa, datadas entre 1647 e 1651.

Os documentos apresentam uma cotação numérica sequencial de 1 a 119, havendo algumas falhas (n" 74, 75, e 76), e desdobramentos alfanuméricos (2a, 2b, 23a, 51a, 61a, 61b, 61c, 77a, 77b, 81a, 81b, 86a, 86b, 86c e 86 d). Esta cotação não tem qualquer correspondência com a original.