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O Ministério do Interior tutelou a Direcção Geral de Saúde desde a criação desta, a 9 de Fevereiro de 1911, até à sua integração no Ministério da Saúde e Assistência em 1958.

Em 1927 transitaram para o Ministério do Interior alguns organismos e serviços do sector da saúde que funcionavam no âmbito de outros Ministérios, entre os quais se incluem a Direcção Geral de Saúde do Ministério da Instrução Pública, a Direcção Geral dos Hospitais Civis de Lisboa do Ministério das Finanças, e a Direcção dos Serviços da Tutela, Inspecção, Estatística e Cadastro da Assistência, que fazia parte do Instituto de Seguros Sociais Obrigatórios e de Previdência Geral do Ministério das Finanças.

Os serviços de assistência foram reorganizados em 1941, 1945, 1946, 1947 e 1952. Em o 1947, a reorganização passou a abranger os distritos do Funchal, Ponta Delgada, Horta e Angra do Heroísmo.

Os serviços de saúde pública e os serviços de assistência pública dependentes do Ministério do Interior foram transferidos para o Ministério da Saúde em 1958. Na mesma data foi extinto o cargo de Subsecretário de Estado da Assistência Social, e em 1959 foi estabelecida uma estruturação considerada indispensável para a actuação do Ministério da Saúde e Assistência, que prevaleceu até à promulgação da respectiva lei orgânica.

A parte do acervo do Ministério do Saúde e Assistência, que se encontra na Torre do Tombo, é constituída pela documentação do Instituto de Assistência Nacional aos Tuberculosos.