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A designação do Ministério das Colónias, criado em 1911, foi mudada para Ministério do Ultramar, na sequência da revisão constitucional de 1951 e da revogação do Acto Colonial. A nova terminologia constitucional passou a prevalecer nas designações dos cargos, organismos e documentos oficiais, tanto na Metrópole como no Ultramar.

Em 1957, foi promovida uma reorganização do Ministério que consagrou uma continuidade, na medida em que as principais mudanças se prenderam mais com a modernização dos serviços e do pessoal, de acordo com as coordenadas de âmbito político-económico, do que com alterações significativas da estrutura.

Em 1962, na sequência de uma reunião extraordinária do Conselho Ultramarino, foi desencadeada a revisão da lei orgânica do Ultramar. Contudo, a nova lei orgânica do Ministério do Ultramar só viria a ser aprovada em 1967.
A reorganização de 1967 pode ser entendida de modo análogo à anterior, mas no contexto da chamada "política de integração económica nacional”. Assim, consagrou a extinção de alguns organismos e a criação de serviços nas áreas da Justiça, da Saúde e da Assistência. Simultaneamente, consignou um quadro institucional que permitia um certo reforço dos poderes de representação e consultadoria dos governadores gerais e provinciais, nomeadamente no que se referia às reuniões periódicas com o titular da pasta.

Entre 1967 e 1974, a estrutura do Ministério não sofreu alterações de vulto, traduzindo a tendência global deste período, que consistiu na transição de um organismo onde predominavam as funções burocrático-financeiras, para um outro onde prevaleciam competências técnico-económicas, mas no qual permanecia, praticamente inalterada, o carácter centralizador e autoritário.

Ao longo da sua vigência, o Ministério do Ultramar funcionou sempre como centro de coordenação dos diversos Governos Ultramarinos e como elo de ligação destes com outros Ministérios.

A partir de Maio de 1974, por determinação da Junta de Salvação Nacional que levou à constituição do Governo Provisório, os assuntos respeitantes às relações entre Portugal e as antigas colónias ultramarinas passaram a ser uma competência das Secretarias de Estado da Administração e dos Assuntos Económicos, criadas no âmbito do Ministério da Coordenação Interterritorial.

A parte do acervo do Ministério do Ultramar, que se encontra na Torre do Tombo, é constituída pelos Arquivos dos Serviços de Centralização e Coordenação de Informações de Angola e de Moçambique.