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O Ministério da Economia, criado em 1940, reuniu os diversos serviços do Ministério do Comércio e Indústria e do Ministério da Agricultura.

Até 1958, o Ministério da Economia tutelou os cargos de Subsecretário de Estado da Agricultura e de Subsecretário de Estado do Comércio e Indústria. Naquela data, os mencionados cargos foram extintos, tendo sido criadas, em sua substituição, três Secretarias de Estado, da Agricultura, do Comércio e da Indústria.

A Secretaria de Estado da Agricultura, compreendia a Direcção Geral dos Serviços Agrícolas, a Direcção Geral dos Serviços Pecuários, a Direcção Geral dos Serviços Florestais e Aquícolas, a Junta de Colonização Interna e o Instituto do Pão.

Integravam a Secretaria de Estado do Comércio, a Comissão de Coordenação Económica e os organismos dela dependentes, a Direcção Geral do Comércio, a Comissão Técnica de Cooperação Económica Externa, o Fundo de Fomento de Exportação, a Intendência Geral de Abastecimentos e o Fundo de Abastecimentos.

Competia à Secretaria de Estado da Indústria, a tutela sobre o Instituto Nacional da Indústria, a Direcção Geral dos Serviços Industriais, a Inspecção Geral dos Produtos Agrícolas e Industriais, a Direcção Geral de Minas e Serviços Geológicos, a Direcção Geral dos Serviços Eléctricos, a Direcção Geral de Combustíveis e a Comissão de Explosivos.
A primeira fase da actuação do Ministério da Economia, entre 1940 e 1944, correspondeu ao início do processo de industrialização, consignado na Lei nº 2002 da Electrificação do País e na Lei nº 2005 do Fomento e Reorganização Industrial.

O período subsequente, do pós-guerra, foi dominado pela necessidade de solucionar a questão dos abastecimentos e o combate à inflação.

Nas décadas de 50 e 60, que decorreram sob o signo do desenvolvimento económico, destacam-se os sucessivos Planos de Fomento (1953-1955; 1959- 1964; 1965-1967; 1968-1973) e o apoio concedido aos novos sectores das indústrias transformadoras.

O mesmo período assistiu à constituição de Portugal como membro fundador da EFTA (Associação Europeia de Comércio Livre), à sua admissão no BIRD (Banco Internacional de Reconstrução e Desenvolvimento) e no FMI (Fundo Monetário Internacional) e à adesão ao GATT (General Agreements on Trade and Tarifs), de que resultou um efectivo afastamento da economia corporativa e uma gradual inserção do País no modelo da economia de mercado.

Ainda nas décadas de 50 e 60 e no início da década de 70, o Ministério da Economia funcionou em estreita cooperação com os organismos de coordenação da política económica que vieram a ser criados na Presidência do Conselho, designadamente, o Conselho de Ministros para o Comércio Externo, a Comissão Técnica de Cooperação Económica Europeia, o Conselho Económico, a Comissão Interministerial do Plano de Fomento, o Conselho de Ministros para os Assuntos Económicos, a Comissão Consultiva de Política Económica, a Comissão Interministerial de Planeamento e Integração Económica, o Secretariado Técnico da Presidência do Conselho, o Subsecretariado de Estado do Planeamento Económico, a Inspecção de Gestão das Participações do Estado e o Conselho Nacional de Produtividade.

A parte do acervo do Ministério da Economia, que se encontra na Torre do Tombo, é constituída por documentação do Conselho Técnico Corporativo do Comércio e da Indústria e da Repartição da Propriedade Industrial.