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Na primeira fase do Estado Novo, sobretudo a partir da promulgação da Constituição Política da República Portuguesa de 1933, a Presidência do Conselho de Ministros tornou-se uma superestrutura ao serviço do poder executivo, que viu deste modo alargadas as suas competências e reforçados os mecanismos de controle político. A concentração de organismos e de serviços na Presidência do Conselho abriu caminho à reforma do Estado.

Junto da Presidência do Conselho funcionou o Subsecretariado de Estado das Corporações e Previdência Social, criado em 1933, com a finalidade de concretizar a corporativização do regime, e o Conselho Corporativo, incumbido de estudar as orientações a seguir na organização corporativa e de imprimir unidade de acção aos serviços públicos envolvidos nessa organização.

No âmbito da Presidência do Conselho foi constituído, em 1933, o Secretariado de Propaganda Nacional, com a função de dirigir centralmente a informação interna e externa relativa à actuação dos vários Ministérios.

Na mesma dependência funcionaram, desde 1933, o Supremo Tribunal Administrativo e, a partir de 1935, a Secretaria da Assembleia Nacional.

Em 1940, os Serviços de Censura do Ministério do Interior transitaram para a tutela do Gabinete de Coordenação dos Serviços de Propaganda e Informação da Presidência do Conselho. A partir de 1944, a Presidência do Conselho concentrou, através do Secretariado Nacional de Informação e Cultura Popular, os referidos Serviços de Censura, as funções do extinto Secretariado de Propaganda Nacional, a Emissora Nacional e a Inspecção Geral dos Espectáculos.

As décadas de 50 e 60 caracterizaram-se pela crescente especialização e complexificação dos organismos e serviços de assessoramento, estudo e coordenação da Presidência do Conselho, que procuraram dar resposta a novos problemas de política económica, de segurança pública e de defesa nacional, suscitados pelo contexto internacional do pós-guerra, pelos compromissos decorrentes da adesão de Portugal ao Tratado do Atlântico Norte e pela guerra colonial.

Neste sentido foi constituída em 1949, por decisão do Conselho de Ministros para o Comércio Externo, a Comissão Técnica de Cooperação Económica Europeia, a fim de assegurar a representação permanente de Portugal junto da Organização Europeia de Cooperação Económica e de apoiar a delegação especial da European Cooperation Administration em Portugal.

Em 1950, na sequência de alterações introduzidas na orgânica do Governo, o Subsecretariado de Estado das Corporações e Previdência Social foi extinto e os serviços respectivos transitaram para o novo Ministério das Coporações e Previdência Social.

Na mesma data passaram para a dependência da Presidência do Conselho o Instituto Nacional de Estatística, a Comissão Técnica de Cooperação Económica Europeia e o Fundo de Fomento Nacional.

A partir de 1950, por efeito da referida reorganização, a Presidência do Conselho passou a integrar os cargos dos Ministros da Presidência e da Defesa Nacional.

Ao Ministro da Presidência incumbia, cumulativamente com o Presidente do Conselho e por delegação deste, a superitendência e o despacho nos organismos e serviços dependentes da Presidência do Conselho.

As mudanças na orgânica governamental efectuadas em 1950 consignaram também novas responsabilidades para a Presidência do Conselho em matéria de política de defesa nacional. Concretamente, cabia ao Ministro da Defesa Nacional a coordenação dos problemas da política militar e das questões relativas à defesa do País, que corriam pelos Ministérios do Exército e da Marinha, bem como a superintendência do Secretariado Geral da Defesa Nacional e do Subsecretariado de Estado da Aeronáutica.

Dependiam da Presidência do Conselho, ainda no âmbito da política de defesa, o Conselho Superior de Defesa Nacional, a Junta de Energia Nuclear e a Comissão de Estudos de Energia Nuclear.

A Presidência do Conselho passou a ter funções acrescidas em matéria de política económica com a constituição do Conselho Económico, em 1957, da Comissão Interministerial do Plano de Fomento, em 1959, do Conselho de Ministros para os Assuntos Económicos, da Comissâo Consultiva de Política Económica, da Comissão Interministerial de Planeamento e Integração Económica e do Secretariado Técnico da Presidência do Conselho, em 1962. A coordenação deste sector foi uma atribuição do Subsecretariado de Estado do Planeamento Económico, constituído em 1969.

Na esfera da política económica foram ainda criados na Presidência do Conselho, o Gabinete da Área de Sines, em 1971, destinado a promover o desenvolvimento urbano industrial na respectiva zona, e em 1972, a Inspecção de Gestão das Participações do Estado e o Conselho Nacional de Produtividade.

A partir da década de 60, a Presidência do Conselho assumiu-se ainda como centro de excelência da actividade política-administrativa. O Secretariado da Reforma Administrativa, criado em 1967, foi o órgão central incumbido de estudar, planear, coordenar e acompanhar a execução das providências tendentes a promover o aperfeiçoamento da administração pública e a melhoria da produtividade dos respectivos serviços. A este organismo sucedeu, em 1973, o Secretariado da Administração Pública, destinado a prosseguir a tarefa de aperfeiçoar e modernizar a referida administração.

Com a substituição de Salazar por Marcello Caetano no cargo de Presidente do Conselho de Ministros, em 1968, as funções e competências dos organismos que integravam a Presidência do Conselho não sofreram alterações substantivas. Estas só ocorreriam em 1974.

A Lei nº 1, de 25 de Abril de 1974, exonerou o Presidente do Conselho, destituiu o Presidente da República e dissolveu a Assembleia Nacional e o Conselho de Estado. Os poderes desses órgãos passaram a ser exercidos pela Junta de Salvação Nacional, mandatada pelo Movimento das Forças Armadas.

Imediatamente após a ruptura causada pela Revolução de 25 de Abril, o Movimento das Forças Armadas iniciou o saneamento político das instituições do Estado Novo e a reestruturação do aparelho de Estado em função da nova ordem democrática. Com essa finalidade, foi criada na Presidência do Conselho de Ministros uma Comissão Interministerial de Reclassificação, encarregada de estudar e apresentar aos Ministros competentes propostas para a suspensão, transferência, aposentação ou demissão de servidores civis do Estado, serviços e empresas públicas, autarquias e demais pessoas colectivas de direito público.

A documentação da Presidência do Conselho de Ministros existente no Instituto dos Arquivos NacionaislTorre do Tombo compreende os Arquivos do Presidente do Conselho António de Oliveira Salazar e da Secretaria Geral da Presidência do Conselho, para além dos Arquivos produzidos pelos organismos tutelados pela Presidência do Conselho de Ministros, designadamente, o Secretariado Nacional da Informação/ Secretaria de Estado da Informação e Turismo, a Comissão Nacional dos Centenários, a Direcção Geral de Turismo, a Direcção dos Serviços de Censura, a Comissão Interministerial de Reclassificação, a Direcção Geral da Administração Pública.