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O Arquivo de Identificação foi criado em 1918, em substituição do Arquivo Central de Identificação e Estatística Criminal.
Subjacente à acção do Arquivo de Identificação existiu sempre uma estreita ligação entre a identificação civil e a Criminologia. Com efeito, a identificação dos criminosos constituía um poderoso meio de repressão da criminalidade e o reconhecimento de todo o arguido, um valioso elemento para a manutenção da ordem pública. A reforma do serviço de identificação decorreu não só da necessidade de criar um registo criminal para os tribunais criminais do País, mas também da verificação da vantagem que advinha da existência de um bilhete de identidade, elaborado segundo os ditames da Antropometria.

O processo de identificação seguido foi o dactiloscópico e a ele eram sujeitos todos os condenados e pronunciados, depois de presos ou afiançados, assim como os presos indicados por uma autoridade judicial ou administrativa. Nesse sentido, o director do Arquivo de Identificação foi autorizado a passar bilhetes de identidade "moldados nos processos mais seguros, mais práticos, mais simples e mais modernos da sinalética antropométrica".

Em 1919 foi criado um bilhete de identidade obrigatório para todas as pessoas que fossem nomeadas para algum cargo público civil em Lisboa.

O diploma que, em 1926, reorganizou os serviços do Arquivo de Identificação, regulou a passagem do bilhete de identidade e estabeleceu as vantagens que nos cartórios notariais e nas repartições públicas advinham para os seus possuidores. A posse do bilhete de identidade passou a ser obrigatória para o exercício de qualquer emprego público, com excepção dos juízes e funcionários dos distritos de paz, regedores de freguesia e funcionários que exercessem gratuitamente funções junto das tutorias, para a concessão de passaportes, salvo os diplomáticos, para a concessão de licenças de caça e de uso e porte de armas, para os mancebos em idade militar e para os nubentes.

Em 1927, os serviços de identificação civil foram distribuídos por três Arquivos de Identificação com sede em Lisboa, Porto e Coimbra. A área de jurisdição destes arquivos coincidia com a área da jurisdição dos Tribunais da Relação de Lisboa, Porto e Coimbra.

A partir daquela data, a posse do bilhete de identidade passou a ser obrigatória nos casos anteriormente referidos, e ainda, para a matrícula em qualquer estabelecimento de ensino secundário, compreendendo os institutos comerciais e industriais, e as Universidades, incluindo o Instituto Superior Técnico, o Instituto Superior de Comércio e o Instituto Superior de Agronomia ou outros congéneres.

O pedido de bilhete de identidade era feito verbalmente ao funcionário que, para este efeito, era obrigado a preencher gratuitamente um impresso. A identidade do interessado, se este não fosse conhecido do funcionário ou do Director da competente Repartição, era abonada por duas testemunhas idóneas. O Arquivo de Identificação assegurou a expedição dos bilhetes de identidade relativos a todo o Continente, enquanto os directores do Instituto Criminal de Coimbra e da Repartição de Antropologia do Porto não se declaravam habilitados a executar esse serviço em relação às suas respectivas áreas.

A partir de 1927 o bilhete de identidade, expedido pelo Arquivo de Identificação Civil de Lisboa, pelos Institutos de Criminologia de Coimbra e pela Repartição de Antropologia Criminal do Porto, passou a ser obrigatório para todas as profissões. A requisição dos bilhetes de identidade dos indivíduos residentes fora de Lisboa, Coimbra e Porto era feita exclusivamente pelos oficiais do Repartição do Registo Civil, que enviavam para o Arquivo Central de Identificação Criminal um boletim dactiloscópico contendo dez impressões digitais do interessado.

História custodial:
Este subfundo integrou com outros organismos da administração central
o designado Arquivo Central das Secretarias de Estado foi incorporado no edifício das Trinas, donde transitou para a Amora. Posteriormente, sob a tutela da Secretaria de Estado da Cultura, o referido Arquivo Central foi temporariamente instalado no edifício da Biblioteca Nacional, tendo ingressado na Torre do Tombo entre Fevereiro de 1993 e Setembro de 1994.