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O Ministério da Justiça e Cultos sucedeu ao Ministério dos Negócios Eclesiásticos e da Justiça, em 1910.

O contexto da primeira República foi marcado não só pela prevalência da questão religiosa, como pela agudização da mesma, decorrente da apropriação estatal do património do clero secular.

A Lei da separação do Estado e da Igreja, promulgada em 20 de Abril de 1911, durante a vigência de Afonso Costa na pasta da Justiça, consignou o arrolamento e a inventariação de todos os bens da Igreja Católica. O arrolamento e inventário foram efectuados por Comissões Concelhias de Inventário, coordenadas pela Comissão Central de Execução da Lei de Separação, no âmbito do Ministério da Justiça e Cultos.

Os serviços da Secretaria de Estado da Justiça e dos Cultos foram objecto de sucessivas reorganizações, designadamente, nos anos de 1914, 1918, 1920, 1923 e 1926.

A reorganização do Ministério, efectuada em 1914, atendeu sobretudo ao facto de parte dos assuntos eclesiásticos, compreendidos nas duas repartições da Direcção Geral dos Negócios Eclesiásticos, terem deixado de existir depois da implantação da República, e de outros serviços, como os do registo civil, terem passado a ter maior desenvolvimento. Esta remodelação levou à extinção da Direcção Geral dos Negócios Eclesiásticos, à sua substituição pela Repartição dos Cultos, e à criação da Repartição do Registo Civil. A administração dos bens das igrejas e das extintas congregações religiosas foi entregue ao Ministério das Finanças.

Com a criação da Administração e Inspecção Geral das Prisões e Estabelecimentos Prisionais de Maiores, em 1918, a Comissão de Reforma Penal e Prisional passou a funcionar como órgão superior consultivo de reforma e assistência penal e prisional, com a designação de Conselho Penal e Prisional.

Em 1919 foi criada a Inspecção Geral dos Serviços de Protecção a Menores.

Por sua vez em 1925 foi constituída a Administração e Inspecção Geral dos Serviços Jurisdicionais e Tutelares de Menores. Até então, os estabelecimentos tutelares de menores, cuja vida económica dependia da aplicação dos rendimentos dos bens das igrejas e das antigas congregações, tinham estado a cargo da Comissão Central da Lei da Separação e da Comissão Jurisdicional das Extintas Congregações Religiosas.

A par do reforço do poder executivo, consubstanciado em medidas que visavam o alargamento das suas competências e mecanismos de controle político, a actuação do Ministério da Justiça e Cultos durante o Estado Novo reflectiu uma constante preocupação com a questão religiosa, que veio a ser formalmente resolvida com a assinatura da Concordata entre a Igreja e o Estado, em 1940.

O período que medeia entre 1932 e 1940, foi caracterizado por uma acção legislativa intensa que incidiu, em particular, na criação do Conselho Superior Judiciário, na promulgação dos Códigos do Processo Civil e do Código Penal, na reforma dos serviços prisionais, no reconhecimento da "personalidade política da Igreja Católica", bem como na restituição de bens eclesiásticos à Igreja.

Em 1933 os serviços do Ministério da Justiça e Cultos foram reorganizados e a sua denominação alterada para Ministério da Justiça. A partir de então o Ministério passou a compreender o Gabinete do Ministro, a Secretaria Geral, a Direcção Geral dos Serviços Centrais da Justiça e dos Cultos, a Direcção Geral dos Serviços Externos de Justiça, a Direcção Geral dos Serviços Prisionais, a Direcção Geral dos Serviços Jurisdicionais de Menores e o Conselho Superior dos Serviços Criminais.
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No mesmo período, alguns organismos tutelados pelo Ministério da Justiça adquiriram um estatuto de maior autonomia, como foi o caso dos serviços do registo criminal e da Comissão Jurisdicional dos Bens Culturais. Esta última, com funções e atribuições cometidas por legislação especial, dirigiu os serviços de arrolamentos de bens das igrejas e das extintas instituições religiosas, decidiu e deu parecer na reclamação de bens não afectos ao culto, instruiu os processos de pedidos de cedência desses bens, propôs a concessão de pensões às antigas recolhidas dos conventos suprimidos, e funcionou como comissão administrativa da Federação Nacional das Instituições de Protecção à Infância.
Ainda em 1933, o Ministério das Obras Públicas e Comunicações ficou incumbido da construção do novo Palácio da Justiça de Lisboa, da construção e reparação de edifícios de tribunais do Porto, de penitenciárias, de cadeias centrais, distritais, comarcais e de colónias penais.

Entre 1940 a 1944 foi regulamentada a disciplina dos crimes contra a segurança do Estado e foram criadas a Assistência Judiciária e os Tribunais de Execução de Penas.

A fase subsequente, até 1954, assistiu à intensificação do plano de construções de Palácios da Justiça e de prisões e da promulgação das leis sobre a segurança interior do Estado, que levaram à extinção do Tribunal Militar Especial e à criação dos Tribunais Plenários. De igual modo foram efectuados trabalhos no âmbito do Código Civil, da reforma do trabalho judiciário e da reforma da instrução preparatória remetida ao Ministério Público e à Polícia Judiciária, criada em substituição da Polícia de Investigação Criminal.

A partir de 1954 e durante a década de 60 ficou concluído e aprovado o novo Código Civil, foram constituídos os Serviços Tutelares e Organização Tutelar de Menores e inaugurados novos tribunais, bem como outro tipo de instalações judiciárias, resultantes, designadamente, da actividade da Comissão de Construções Prisionais.