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A Direcção Geral de Agricultura, sucessora da Repartição de Agricultura da Direcção Geral do Comércio e Indústria, foi criada por Decreto de 28 de Julho de 1886. Por esse diploma a Direcção compreendia duas Repartições:
Serviços Agrícolas e Repartição de Instrução Agrícola e Matas.

A Repartição de Serviços Agrícolas estava dividida em duas Secções:
a 1ª Secção ocupava-se das questões relativas a subsistência, comércio, consumo e mercados de cereais, regime de culturas, indústrias de moagem e panificação, produção, consumo e circulação dos produtos do solo destinados à alimentação, culturas introduzíveis; fomento agrícola, exposições, concursos e inquéritos agrícolas, pessoal técnico das inspecções e de outros serviços agronómicos, elaboração, registo e expedição de todos os diplomas que dissessem respeito à Secção, compilação de elementos estatísticos concernentes aos serviços enumerados e preparação de leis e regulamentos acerca dos assuntos relacionados com a Secção.

A 2ª Secção tinha a seu cargo os assuntos relativos ao comércio, consumo e mercados de questões vinícolas, destilação, culturas de substituição, epipitias das vinhas e outras, meios ou processos de tratamento, adubos, elaboração de boletins agrícolas, registo e expedição de todos os diplomas relacionados com a Secção, compilação de elementos estatísticos concernentes aos serviços enumerados, preparação de leis e regulamentos acerca de assuntos constitutivos da Secção.

À 3ª Secção competiam os melhoramentos pecuários, exposições e concursos de animais domésticos, epizootia, polícia sanitária dos gados, boletins de sanidade pecuária, piscicultura ostricultura, salinas, pessoal técnico do serviço pecuário, elaboração, registo e expedição de todos os diplomas relacionados com a Secção, compilação de elementos estatísticos concernentes aos serviços enumerados e preparação de leis e regulamentos sobre os assuntos constitutivos da Secção.

A Repartição de Instrução Agrícola e Matas estava dividida em três Secções:
a 1ª Secção ocupava-se do ensino agrícola, elementar e geral, do Instituto Geral de Agricultura, das quintas regionais, dos campos experimentais e das Escolas Práticas de Agricultura, da elaboração, registo e expedição de todos os diplomas que dissessem respeito à Secção, da compilação de elementos estatísticos concernentes aos serviços enumerados e da preparação de leis e regulamentos acerca dos assuntos respeitantes à Secção.
A 2ª Secção tinha a seu cargo as sementeiras e plantações, o ordenamento florestal, a arborização de dunas e de montanhas; as indústrias florestais, o cadastro, as construções e edificações especiais, a elaboração, registo e expedição de todos os diplomas que dissessem respeito à Secção, a compilação de elementos estatísticos concernentes aos serviços enumerados e a preparação de leis e regulamentos relativos aos assuntos da competência da Secção.
A 3.a Secção tinha funções de fiscalização das receitas e rendimentos dos pinhais e matas nacionais, compreendendo os produtos resinosos e outros derivados, bem como dos contratos relativos à venda de quaisquer produtos das matas; competia-lhe também a verificação e liquidação de todas as despesas, incluindo as do pessoal e as provenientes de contratos para a aquisição de material, o inventário das matas, abrangendo não só a massa florestal, como o material existente, as máquinas, instrumentos e utensílios, o pessoal técnico e administrativo do serviço externo das matas; a elaboração, registo e expedição de todos os diplomas que dissessem respeito à Secção; a compilação de elementos estatísticos concernentes aos serviços enumerados; a preparação de leis e regulamentos relativos aos assuntos da competência da Secção.

Em 1 de Dezembro de 1892 dá-se a reorganização do Ministério das Obras Públicas, Comércio e Indústria, surgindo a Direcção dos Serviços Agrícolas que compreendia uma Repartição, a Repartição dos Serviços Agronómicos e duas Secções, a Secção dos Serviços Pecuários e a Secção dos Serviços Florestais.

A Repartição dos Serviços Agronómicos estava dividida em três Secções:
a 1ª Secção tinha competências sobre a produção, comércio e mercados de culturas; subsistência; Mercado Central de produtos agrícolas; artes agrícolas; fabrico de vinhos, azeites e lacticínios; moagens, panificação, conservas alimentícias; sericicultura; exposições, concursos e inquéritos agrícolas; Museu Agrícola e Florestal; Comissão promotora do comércio dos vinhos; crédito agrícola; associações, companhias e sindicatos agrícolas; Carta Agrícola; Comissão permanente de cereais; Conselhos Distritais de Agricultura; nomeações, promoções, vencimentos e situações de serviço de pessoal agronómico e auxiliar.
À 2.a Secção foram atribuídas as questões e serviços relativos às doenças das plantas; serviços anti-filoxéricos e de outras fitonoses da vinha; Estações Ampelo-Filoxéricas; postos ampelográficos; depósitos de insecticidas; viveiros de videiras americanas; distribuição de estacas, bacelos e barbados resistentes; aquisição e distribuição de sulfureto de carbono; culturas de substituição; distribuição das sementes agrícolas; fiscalização da cultura do tabaco no Douro; fiscalização, análise e transporte de adubos; Estações Químico-Agrícolas.
A 3ª Secção tinha a seu cargo o ensino agrícola, superior, geral e especial; planos de exploração agrícola dos terrenos das escolas; tirocínio dos alunos; campos de demonstração; aluguer de máquinas agrícolas; boletim da Direcção dos Serviços Agrícolas; nomeações, promoções, vencimentos e situações serviço do pessoal docente, auxiliar e administrativo.

A Secção dos Serviços Pecuários tinha a seu cargo os serviços zootécnicos e de sanidade pecuária; Coudelaria Nacional; postos hípicos; Hospital veterinário; inspecção e fiscalização sanitária das carnes nas delegações e postos fiscais aduaneiros; Laboratório de bacteriologia; produção, comércio, mercados e consumo na indústria pecuária; exposições, concursos e inquéritos pecuários; Junta Consultiva de saúde pecuária; Juntas Distritais de saúde pecuária; nomeações, promoções, vencimentos e situações de serviço do pessoal veterinário e auxiliar.

A Secção dos Serviços Florestais tinha a seu cargo o ordenamento e exploração florestal; delimitação das matas do Estado; inventariação dos povoamentos florestais; regulamentos e planos especiais de exploração; revisão periódica e registo dos ordenamentos; cortes; trabalhos de defesa; arrematação de produtos florestais; venda de cortes e de madeiras; concessões e arrendamentos; fábrica de resinagem; licenças para caça e pastagem de gados; polícia das -matas; questões económicas; importação e exportação; sementeiras e plantações florestais; repovoamento e reconstituição das montanhas; substituição das essências florestais; viveiros florestais; Comissão permanente de piscicultura; fixação das dunas do litoral; código florestal; projectos de estradas, caminhos, pontes e casas de guardas; nomeações, promoções e situações de serviço do pessoal técnico e auxiliar das matas.

Por Decreto de 28 de Fevereiro de 1903, o Ministério das Obras Públicas, Comércio e Indústria foi de novo reorganizado, passando a Direcção Geral da Agricultura a ser constituída por quatro Repartições: Repartição dos Serviços Agronómicos, Repartição dos Serviços de Instrução Agrícola, Repartição dos Serviços Pecuários e Repartição dos Serviços dos Serviços Florestais e Agrícolas.

Aquisição e disponibilização de publicações relacionadas com agricultura. Ordens de serviço. Boletins agrícolas. Correspondência recebida de várias entidades: Escola Prática de Viticultura e Pomologia da Bairrada, Escola Prática de Lacticínios de Castelo de Paiva, Real Companhia Vinícola do Norte de Portugal, Posto Agrário da Bairrada, Conselhos Distritais de Agricultura de Angra, Aveiro, Braga, Bragança, Castelo Branco, Beja, Portalegre, Vila Real, Viseu, Porto, Lisboa, Ponta Delgada, Secretaria Geral do Ministério das Obras Públicas, Conservatórias do Registo Predial, Inspecção de Agricultura da Região Agronómica do Norte, Mercado Central de Produtos Agrícolas, Museu Agrícola e Florestal de Lisboa, Estação Ampelofiloxérica do Norte, Estações de Fomento Agrícola, Serviços Agronómicos do distrito de Lisboa, Estação Agrária da ilha da Madeira, agrónomos chefes de diversas regiões, Estação Agronómica de Lisboa, Inspecção das Companhias Vinícolas, Direcção dos Serviços da Carta Agrícola, Comissão dos Estudos Agrológicos, Direcção das Obras Públicas do Distrito de Lisboa, Repartição de Instrução Agrícola e Matas, Comissão Geral da Cultura de Tabaco, Companhia Real dos Caminhos de Ferro Portugueses, Câmaras Municipais, Direcção Geral das Obras Públicas e Minas, Direcção de Fiscalização de Produtos Agrícolas, Escola Nacional de Agricultura, Observatório Infante D. Luís, Companhia Geral da Agricultura das Vinhas do Alto Douro, Inspecção de Agricultura da Circunscrição do Norte, Instituto Geral de Agricultura, Instituto de Agronomia e Veterinária, Secção dos Serviços Pecuários, Conselho do Fomento Comercial dos Produtos Agrícolas, Escolas Práticas de Agricultura, Estações Quimíco-Agrícolas. Circulares expedidas a várias entidades. Decretos, portarias, despachos ministeriais e outros documentos oficiais. Mercês honoríficas, condecorações, louvores e recompensas. Corte de sobreiros. Oficinas agrícolas. Questões de patologia vegetal. Seguros de propriedades. Comunicações de serviço. Hidráulica agrícola. Fabrico de passas de uva. Aquisição e cultivo de oliveiras. Ostreicultura. Questões vinícolas. Viveiros de plantas em Bencatel e Alijó. Máquinas agrícolas. Sindicatos agrícolas. Filoxera da vinha. Extinção de gafanhotos. Videiras americanas. Sociedades agrícolas. Adubos. Cultura do arroz. Ornitologia. Fabrico e fornecimento de sulfureto de carbono. Exposições agrícolas. Inquéritos agrícolas. Relatórios enviados por várias entidades. Cursos agrícolas no estrangeiro. Passes de circulação nos caminhos de ferro e Carris de Ferro de Lisboa. Mapas de pessoal. Inventários dos serviços da Direcção Geral de Agricultura. Requisições de transporte. Distribuição de trigo. Documentação relativa à Quinta Regional de Sintra. Requisições de fundos. Estudos e relatórios sobre o linho. Requerimentos. Verbetes de vencimentos e ajudas de custo. Folhas de vencimento. Gratificações ao pessoal. Emissão de passaportes a elementos participantes em Congressos Internacionais de Agricultura.