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A jurisdição comercial foi introduzida em Portugal com o código de Ferreira Borges. Por Decreto de 5 de Fevereiro de 1822, o Governo fez o convite a "qualquer sábio português" para apresentar um projecto de código comercial.
Foi criada uma comissão composta por três letrados e quatro negociantes matriculados, escolhidos pelos comerciantes de Lisboa e do Porto, para avaliarem os projectos apresentados. Foi aprovado, por Decreto de 18 de Setembro de 1833, o Código Comercial Português de José Ferreira Borges. O mesmo autor já havia feito um dicionário de direito comercial, o qual o ajudou na elaboração do referido código. Como ele afirmou "a nenhuma sociedade é dado existir sem leis; ou com leis incertas prosperar" logo é necessário que qualquer sociedade tenha um sistema de leis, que ligue os usos e costumes do comércio, tanto terrestre como marítimo. Na elaboração deste código teve em atenção os códigos e leis comerciais de outros países, nomeadamente a Prússia, a Flandres, e a França, entre outros.

Pelo mesmo decreto e na sequência da aprovação do referido código, foi criado o Tribunal do Comércio: "sendo necessário pôr quanto antes em execução o Código Comercial Português, e organizar o Tribunal e Juízes que constituem o seu foro competente: Hei por bem, em nome da Rainha, decretar o seguinte: Artigo Primeiro. Será imediatamente constituído o Tribunal Comercial de Segunda Instância, estabelecido no Código Comercial Português. Artigo Segundo. Serão igualmente constituídos os Juízos Comerciais de Primeira Instância nas cidades de Lisboa e Porto. Artigo Terceiro. Além dos Juízos Comerciais de Primeira Instância declarados no Artigo precedente, criar-se-ão para o futuro sucessivamente em outras terras do Reino, e seus Domínios, aqueles que as circunstancias tornarem necessários".

Em 1847, pelo artigo 1º do Decreto de 19 de Abril, foram estabelecidos tribunais de comércio em todas as cabeças de comarca. O projecto atrás referido previa que nos lugares em que os mesmos não existissem as causas seriamjulgadas por árbitros comerciais, havendo apelação para o tribunal mais próximo.

Com a criação do Tribunal do Comércio foi abolida toda a jurisdição contenciosa que pertencia ao Tribunal da Junta do Comércio, Agricultura, Fábricas e Navegação, bem como o que pertencia ao Conselho do Almirantado, Juízo da Índia e Mina e Ouvidoria da Alfândega.

A Portaria de 24 de Janeiro de 1834 determinou que o "Código Comercial se deve considerar em vigor e legitimamente publicado desde o dia catorze do corrente, em que se constituírem nesta Cidade os Tribunais de Comércio de Primeira e Segunda Instância: e que todas as transacções Comerciais pendentes, protestos, e outros actos mercantis devem ser regulados e decididos segundo a doutrina do Decreto, que já se publicou sobre a matéria, de dezassete de Dezembro de mil oitocentos trinta e três".

Para além dos tribunais de primeira e segunda instâncias, foi criada também a Suprema Magistratura do Comércio. Até então apenas existiam tribunais destinados a julgar questões entre comerciantes de determinadas localidades ou de certas causas comerciais.

Os presidentes e os juízes dos tribunais de primeira e segunda instâncias eram de nomeação régia; os secretários e escrivães eram, igualmente de nomeação régia, mas sob proposta do presidente do tribunal respectivo; os porteiros e serventes eram da nomeação do presidente. Os emolumentos dos cartórios do Tribunal do Comércio regulavam-se pela tabela dos emolumentos do Juízo da Índia e Mina e Junta do Comércio, conforme estabelecido pelo Decreto de 17 de Março de 1834.

Em 1932 foi extinta toda a jurisdição comercial por Decreto de 29 de Setembro do mesmo ano. As razões invocadas para a existência de tribunais privativos de comércio foram perdendo a sua importância, dadas as alterações que se verificaram, quer a nível das exigências no recrutamento de funcionários, quer no que respeita à natureza das causas. Os defensores da jurisdição comercial alegavam que "as causas comerciais tem natureza especial porque exigem conhecimentos de difícil apreensão que só uma especialização demorada pode dar" e que "as questões comerciais devem ser julgadas segundo a equidade". Ora o mesmo decreto explica que estas razões não eram justificativas porque o acto de comércio, em si, tem a mesma estrutura que o acto civil similar e que a "equidade deve estar na lei e nas instituições que ela cria". Explica ainda que a existência de tribunais privativos constituía um elemento perturbador da boa administração da justiça; e que a sua acção demorada na resolução das causas e a falta de competência para a execução das mesmas davam origem a acumulação de processos e a maiores despesas. O referido decreto é bem elucidativo de todas as razões que levaram à extinção e especifica qual o destino das causas comerciais assim como dos funcionários dos cartórios dos tribunais do comércio.

História custodial e arquivística:
É desconhecida a história custodial de grande parte da documentação do tribunal de segunda instância. Sabe-se, no entanto, que 774 processos findos, livros e mais papéis foram remetidos para o Tribunal da Relação de Lisboa até 12 de Dezembro de 1870, não sendo conhecida a data em que foram enviados para a Torre do Tombo. Outra parte, composta por livros e alguns processos, foi remetida juntamente com a documentação do Tribunal da Relação de Lisboa em 1995.
Fonte imediata de aquisição ou transferência:

A documentação de primeira instância (que se encontrava no Arquivo dos Feitos Findos), foi remetida pelo cartório do escrivão do 2.° Ofício da 1ª vara comercial de Lisboa em 1931, acompanhada de guia de remessa.

O fundo é constituído pela documentação produzida pela Suprema Magistratura do Comércio e pela dos Tribunais de Comércio de Segunda e Primeira Instância.

Reflecte a orgânica da instituição. A documentação está separada por instâncias e dentro de cada instância por cartórios dos escrivães.