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A Secretaria de Estado dos Negócios de Justiça foi criada por Lei de 23 de Agosto de 1821, por decisão das Cortes Gerais Extraordinárias e Constituintes da Nação Portuguesa, para "facilitar o expediente dos multiplicados negócios" que pesavam sobre a Secretaria de Estado dos Negócios do Reino. A Secretaria de Estado dos Negócios de Justiça tinha competências sobre as questões de justiça civil e criminal, os negócios eclesiásticos, as nomeações dos lugares de magistratura, ofícios ou empregos, a inspecção das prisões e a segurança pública.

Pelo Decreto nº 24, de 16 de Maio de 1832, da autoria do Secretário de Estado interino dos Negócios de Justiça, José Xavier Mousinho da Silveira, foram estabelecidas as bases do novo sistema judicial. Este diploma consignava a divisão judicial do território, a organização do pessoal, a nomeação e atribuições dos empregados de justiça e dos jurados, bem como matérias do domínio do processo civil e do processo penal. Neste contexto, a Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça foi organizada, tendo passado a integrar três Repartições, dos Negócios Eclesiásticos, de Justiça e de Segurança Pública. O chefe de cada uma das Repartições despachava com o director geral, que tinha competência para assinar todos os papéis de expediente e correspondência, que não carecessem de assinatura ministerial.

A profundidade e extensão da acção política da Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça foi particularmente significativa com a realização, a partir de 1834, da designada "reforma geral eclesiástica", protagonizada pelo Ministro e Secretário de Estado Joaquim António de Aguiar. O plano e a execução dessa reforma, de que foi incumbida a Comissão da Reforma Geral do Clero, criada por Decreto de 31 de Julho de 1833 (e que perdurará até 1837), levou à extinção, pela Lei de 30 de Maio de 1834, de todos os conventos, mosteiros, colégios, hospícios e outras casas de religiosos de todas as ordens religiosas, ficando as diferentes casas religiosas do sexo feminino sujeitas aos respectivos ordinários.

Em 1835 foi consagrada uma nova divisão judicial do território e regulamentada a acção do Ministério Público, norteada pela preocupação de manter "a independência do poder judiciário", bem como "a boa execução das leis e pronta administração da Justiça, segundo o sistema constitucional".

Entre 1840 e 1841, funcionou no âmbito da Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça uma Comissão, que teve mais uma vez a incumbência de promover a reforma e o desenvolvimento do sistema judicial.
A Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos e da Justiça viu a sua estrutura alterada em 1849, tendo passado a integrar quatro Repartições: Central (com competências específicas sobre o Arquivo Geral e apoio ao expediente do Ministro), dos Negócios Eclesiásticos ( à qual competiam as relações com a Santa Sé, estatuto civil do clero e património eclesiástico), dos Negócios de Justiça (à qual competiam todas as questões relacionadas com divisão judicial do território, tribunais judiciais e sistema penitenciário) e de Contabilidade ( à qual competia a elaboração e execução do orçamento do Ministério, bem como a respectiva gestão patrimonial),

O Ministério dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça foi reorganizado por Decreto de 24 de Dezembro de 1892, sobretudo para realizar "as possíveis economias que as presentes condições financeiras extraordinariamente reclamam", vindo a reduzir a despesa com pessoal. A partir de então, o Ministério ficou distribuído por três Direcções, dos Negócios Eclesiásticos, dos Negócios de Justiça e Central, compreendendo cada uma duas Repartições.

Por Decreto de 8 de Outubro de 1910, da autoria da Presidência do Governo Provisório da República, a designação deste Ministério foi alterada para Ministério da Justiça.

História custodial e arquivística:
Parte da documentação (804 maços, compreendendo o período de 1687 a 1818) foi entregue, em 1955, pela Inspecção Superior das Bibliotecas e Arquivos, a cuja guarda se encontrava. Em 6 de Dezembro de 1988 foram incorporados 155 maços e 3 livros, enviados pelo Ministério da Justiça (sem descrição). Em 1996, ao abrigo de um Protocolo celebrado com Biblioteca Nacional foram recebidos 187 maços e 509 livros, compreendendo o período de 1756-1911.

A documentação deste fundo pode sistematizar-se em três áreas, nomeadamente: assuntos eclesiásticos internos, assuntos judiciais e uma colecção diplomática.

Os assuntos eclesiásticos internos (1687-1910), incluem nomeações de patriarcas, arcebispos, bispos, párocos, priores, nomeações para lugares nas capelas reais, e de membros de colegiadas e irmandades: inventários, plantas e mapas de edifícios e bens de institutos religiosos; relações de vencimentos do corpo eclesiástico e de pagamento dos respectivos impostos: documentação da Junta da Bula da Santa Cruzada; documentação da Junta do Exame do Estado Actual e Melhoramento Temporal das Ordens Religiosas;

Os assuntos judicias (1751-1918) compreendem a divisão judicial do território, sistema de estabelecimentos penais e respectivas estatísticas criminais, nomeações para lugares de justiça, vigilância e repressão de movimentos revolucionários (Alçada do Porto, Abrilada, Rebelião de Trás-os-Montes, Revolta de Braga), quer pelo Intendente-Geral da Polícia, quer pela Polícia Judiciária, documentos e processos do Juízo da Inconfidência;

A colecção diplomática (1762-1850) contém documentos sobre negócios eclesiásticos, nomeadamente Missões na Índia, Macau, China: e América do Sul; documentos sobre o processo internacional de extinção da Companhia de Jesus; correspondência com os governadores de Macau, Angola e Goa; instituição da colónia do Sacramento e documentação diplomática referente às relações de Portugal com a Áustria, Espanha, Estados Pontifícios, Estados Unidos da América, Inglaterra, Holanda, Hungria e Rússia.